千百年来，藏医藏药和藏传佛教如同一对孪生兄弟一直紧密地联系在一起，藏医藏药也因此被蒙上了一层神秘的色彩。 在漫长的历史进程中，藏医学伴随着佛教的发展而发展，受到藏传佛教很深的影响。在藏区一些大的寺院，一般都设有专门传授医药学知识的“曼巴扎仓”即医学院。藏传佛教的高僧活佛一般对藏医药学也有着很深的造诣，在藏医经典著作《四部医典》的医药挂图中所载的历代名医中就包含有五世、十三世达赖喇嘛以及莲花生大师。一些治疗藏区疑难多发病的传世秘方就是在寺院中以师徒传承的方式延续至今。藏医在诊病施治时，往往要有诸如念经、祷告等行为，之后诊病治病也往往能立显神效。在藏药的采集、炮制、制作过程中也同样有着严格的规定。药品制成后，还要按宗教仪规进行加持，由全体僧侣诵经七天，祝愿药物效果灵验, 因此真正的藏药，必须具备传承秘方、特殊炮制、超能加持三个条件。 藏医藏药这些浓厚的宗教色彩实际上体现了藏医药学与藏族天文历算学之间的密切关系，同时也包含了心理疗法、暗示疗法等现代医学和心理学内容。揭开藏医药学神秘的面纱，展现在我们面前的是一门古老而又新兴的民族医学，其系统完整的科学理论体系是远非宗教色彩所能包容的。不论从哪一个方面来说，藏医药学都是一门极其严谨、科学的传统医学理论体系。
